本校自100年8月起，依據「教育部認定大學校院自我評鑑機制及結果審查作業原則」，研議修訂「自我評鑑實施辦法」、「自我評鑑申復辦法」及「104年度系所暨通識教育自我評鑑實施計畫」等辦法，於102年4月向教育部申請自我評鑑機制認定。教育部於102年12月認定本校自我評鑑機制後，本校自103年1月起依據所定機制，分2梯次辦理教學單位自我評鑑。 

第一週期辦理之「104年度系所暨通識教育自我評鑑」，有31個系、所、學位學程及通識教育中心共32個單位接受評鑑。該等單位於104年5月完成自辦外部評鑑實地訪評，評鑑結果經本校自我評鑑指導委員會覆核後，31個系、所、學位學程之評鑑認可結果為「通過」，通識教育中心之評鑑認可結果為「有條件通過」。評鑑後本校彙整該次評鑑之規劃、歷程與結果，作成自我評鑑結果報告書，於105年6月向教育部委託單位高等教育評鑑中心申請自我評鑑結果認定。教育部於105年10月認定本校104年度系所暨通識教育自我評鑑之評鑑結果，認可有效期限比照第二週期系所評鑑自104年起至109年止，並同意本校免受通識教育暨第二週期系所評鑑。 

第二週期辦理之「106年度系所自我評鑑」係針對於104年度時新設立未滿3年之2個學程及專班進行評鑑。該等單位已於106年3月完成自辦外部評鑑實地訪評，評鑑委員給予之評鑑認可結果建議均為「通過」。 

完成自我評鑑後，本校即敦促各受評單位針對實地訪評報告書所列「針對待改善事項之建議事項」逐項檢討，並研擬與執行自我改善計畫。104年度系所暨通識教育自我評鑑32個受評單位已於104年8月擬定自我改善計畫，落實執行，每半年報告執行進度，並於106年10月提交執行成果報告。該梯次評鑑的32個受評單位共599項待改善事項，目前均已獲得改善。其中，因通識教育中心之評鑑認可結果為「有條件通過」，本校另協助其規劃與辦理「追蹤評鑑」。該中心已依規劃於107年5月完成追蹤評鑑實地訪評，評鑑委員給予之追蹤評鑑認可結果建議為「通過」，併同106年度系所自我評鑑結果於107年8月經本校自我評鑑指導委員會覆核通過，同年8月向教育部委託單位高等教育評鑑中心申請自我評鑑結果認定，且於107年12月獲得高等教育評鑑中心之認定。完成自我評鑑的同時，本校也敦促2個受評單位擬訂自我改善計畫，並開始執行改善，且持續追蹤評鑑結果改善情形。 

第三週期系所評鑑作業委託高等教育評鑑中心及台灣評鑑協會進行辦理品質保證認可，其中通識教育中心已於111年3月22日委託台灣評鑑協會辦理實地評鑑，評鑑委員給予之評鑑認可結果為「通過」，通過期間自111年7月至116年6月。其他29個系所已於111年9月19~23日間委託高等教育評鑑中心辦理實地評鑑，生物醫學工程博士學位學程認可結果為「通過-效期3年」，認可有效期間自110年1月1日至112年12月31日；其餘28個系所認可結果為「通過-效期6年」，認可有效期間自110年1月1日至115年12月31日。 

高雄醫學大學系所自我評鑑各受評單位之評鑑認可結果 

本校榮獲教育部「98、102、103、105及111年教育部品德教育特色學校」表揚。

109年度獲教育部頒發「高等教育深耕計畫－大專校院完善就學機制」績優獎，在160所大專院校中選出的十所績優學校，本校是唯一獲選績優的醫學大學

本校榮獲101學年度教育部私校學生事務與輔導暨經費執行成效訪視「優等」。

本校「推廣教育暨社會資源中心」通過勞動部勞動力發展署「103年度TTQS訓練品質評核」並榮獲銅牌。

本校「教務處推廣教育中心」通過勞動部勞動力發展署「105年度TTQS訓練品質評核」並榮獲銅牌。

本校榮獲108年教育部第6屆「藝術教育貢獻獎－績優學校」的肯定，本校自創校以來最重視的就是藝術結合醫學教育，實踐生活關懷大愛，成全國首例無藝術相關領域科系獲獎學校。